NIDE 29, NUMERO 4 • JOULUKUU 2025.
2025 Liikehäiriöt Vuoden arvosteluartikkeli
Neurodegeneratiivisten sairauksien tutkiminen pitkän lukuajan sekvensointi- ja optisen genomikartoituksen tekniikoilla
Olemme iloisia siitä, että meidät on palkittu "Vuoden 2025 katsausartikkeli" -palkinnolla. Liikehäiriöt päiväkirjaan. Lähetettyään Liikehäiriöt Artikkelissa, jossa kuvataan kahta sisarusta, joiden fenotyyppi on yhteensopiva PRKN:ään liittyvän Parkinsonin taudin (PD) kanssa, joka on ratkaistu pitkäkestoisella sekvensoinnilla (LRS), päätoimittaja pyysi meitä ystävällisesti kirjoittamaan katsauksen, joka keskittyy uusiin teknologioihin ei-geneetikkojen yleisölle.
Uskomme tämän katsauksen tulleen oikeaan aikaan kahdesta syystä. Ensinnäkin yhä useammat ihmiset käyttivät LRS:ää neurodegeneratiivisten sairauksien yhteydessä, ja kirjallisuudesta löytyi yhä enemmän näyttöä sen kyvystä ratkaista tapauksia, joita koko eksomin tai koko genomin lyhytlukusekvensointi ei selittänyt. Toiseksi Su et al. julkaisivat viimeisimmän katsauksen vuonna 2021 Neurology-lehdessä, joten päivitys näytti olevan tarpeen. Otimme kirjoituksen mielellämme vastaan ja pyrimme tarjoamaan laajan näkökulman sekä LRS:n että optisen genomikartoituksen (OGM) viimeaikaisiin saavutuksiin sekä niiden rajoituksiin, haasteisiin ja tulevaisuuden mahdollisuuksiin.
Ihmisen ominaisuuksiin vaikuttavia geneettisiä variaatioita on pääasiassa kolmenlaisia: pienet variantit (alle 50 emäsparia sisältävät variantit, joita kutsutaan myös yksittäisiksi nukleotidivarianteiksi ja insertioiksi/deleetioiksi), lyhyet tandemtoistot (tunnetaan myös toistolaajennuksina eli RE:inä) ja rakenteelliset variantit (SV:t, deleetiot, insertiot, duplikaatiot, inversiot, translokaatiot). Monista todennäköisesti monogeenisistä sairauksista puuttuu edelleen tarkka molekyylidiagnoosi, pääasiassa siksi, että perinteiset sekvensointimenetelmät eivät ole tehokkaita SV:iden ja RE:iden havaitsemisessa, jotka molemmat ovat syy-seuraussuhteessa monissa neurogeneettisissä sairauksissa. Siksi useissa aloitteissa pyritään käyttämään LRS:ää ja/tai OGM:ää neurodegeneratiivisten sairauksien geneettisen taustan selvittämiseen. Esitimme katsauksessa useita kattavia esimerkkejä tarjotaksemme lukijalle ymmärryksen LRS:n ja OGM:n saavutuksista. Keskustelemme siitä, miten LRS mahdollisti lyhyen sekvensoinnin paljastamatta jääneiden varianttien löytämisen tunnetuissa neurodegeneratiivisissa sairauksissa (esim. PRKN, SPG4) ja uusien syy-seuraussuhteisiin liittyvien geenien löytämisen (esim. neuronaalinen intranukleaarinen inkluusiotauti ja NOTCH2NLC 5'UTR -laajeneminen, spinocerebellaarinen ataksia tyyppi 4 ja ZFHX3). Havainnollistamme myös LRS:n kykyä karakterisoida toistojen kokoa ja motiivia, jotka vaikuttavat puhkeamisikään, penetranssiin, periytymiseen ja kliinisiin fenotyyppeihin (CANVAS ja RFC1, FXTAS ja FMR1, SCA27B ja FGF14). Kuvailemme myös mahdollisuutta vaiheistaa variantteja LRS:n avulla ja erottaa geenien variantit niiden pseudogeenin varianteista (GBA1, SORD2) sekä mahdollisuuden tunnistaa uusia transkripteja. Korostamme myös optisen genomikartoituksen etuja ja haittoja SV:iden ja RE:iden tunnistamisessa. Vaikka näitä tekniikoita käytetään tällä hetkellä enimmäkseen tutkimusympäristössä, odotamme niiden laajempaa käyttöönottoa kliinisissä laboratorioissa tulevaisuudessa. Toivomme, että tämä katsaus auttaa ammattilaisia ymmärtämään niiden hyödyllisyyttä ja rajoituksia sekä käyttämään niitä viisaasti joko diagnoosin tai tutkimuksen yhteydessä!
Kuuntele podcast-haastattelu tästä artikkelista:
Kuuntele nyt
Lue lisää Eteenpäin liikkuminen: